بعد از استقرار روحانیون در استادیوم‌های ورزشی جهت «ارشاد» تماشاچیان، اجرای برنامه استقرار روحانی مشاور بالینی یا روحانی مقیم در مراکز بیمارستانی یکی از فجایعی است که در دوران روحانی کلید زده می‌شود. این برنامه ابتدا در استان مرکزی و سپس در دیگر بیمارستان‌های دولتی کشور به مورد اجرا گذاشته شد.

یکی از مسئولان، این طرح را طرحی ابتکاری عنوان کرده و این‌که اشاعه اخلاق پزشکی، مشارکت در اصلاح رفتارهای زیستی، مشاوره معنوی و پاسخگویی به مسایل شرعی بیماران و پرسنل بهداشتی از موضوعات مهمی است که به درستی در این برنامه دیده شده است.

به گفته دکتر حسین سرمدیان، معاون درمان دانشگاه علوم پزشکی اراک، تمام بیمارستان‌های این دانشگاه و دو کلینیک کوثر و امام رضا (ع) نیز دارای روحانی مقیم هستند. روحانی مشاور یا روحانی مقیم در ساعات کاری در زمینه احکام، سؤالات شرعی بیماران و همراهان و حتا در زمینه ازدواج نیز مشاوره می‌دهد. سرمدی در پاسخ به این سؤالل مبنی بر اینکه آیا روحانی در زمینه موضوعات پزشکی، آموزش دیده است یا خیر، اظهار می‌کند: روحانی مقیم در زمینه پزشکی آموزشی ندیده است و فقط مشاوره‌های وی در زمینه اعتقادی است.[1]