در آغاز تشکیل مجلس دوم پس از تسخیر تهران و پناهنده شدن محمد علی شاه به سفارت روسیهتشکل دمکرات ها به رهبری تقیزاده در تهران جبهه آشکاری در برابر نیروی سنتی سیاسی تهرانمتشکل از دربار، بختیاری ها و اسلام سیاسی تشکیل داد. درگیری آشکار در ابتدا بین دمکرات هاکه خود را در آنزمان فرقه میخواندند و  اسلامی ها در گرفت. تقی زاده که در آن دوران از وجهه سیاسی قابل ملاحظه ای برخوردار بود و بنام رهبر دمکراتها شناخته میشد برای دیدگاه های مترقی و متجدد خود هدفی برای نابودی توسط  اسلامی های مجلس و همدستانشان شد. بین دمکرات ها واسلام سیاسی برای جنایتی که در نیشابور انجام شده بود درگیری به اوج خود میرسید.

داستان بگزارش دکتر عباس زریاب خوئی  بنقل از تقی زاده بدین ترتیب بود. دو نفر از اسماعلیان که از سفر حج بازگشته بودند مورد تکفیر آخوند نیشابور به نام شیخ باقر قرار میگیرند و در پی درخواست تأئید حکم خود آخوند ارشد مشهد نیز این حکم شرعی را تآیید میکند و این دو نفر تکفیرمیشوند یا در واقع به مرگ محکوم میشوند که هر مسلمانی میتوانست این حکم را اجرا کند و ثوابش را کسب کند. از آنجا که حاکمان دولتی مشهد و نیشابور حاظر نمی شوند به در خواست شیخ باقربرای فرستادن میرغضب برای گشتن دو اسماعیلی پاسخ مثبت بدهند و باین ترتیب پای دولت را از این اقدام به جنایت بیرون میکشند. شیخ باقر  خودش لنگ  به کمر میبندد و این دو اسماعیلی را در میدان شهر نیشابور در برابر چشم مردم بقتل میرساند.

کنسول انگلیس در مشهد سر پرسی سایکس در ابتدا تلاش مینماید با توسل به مقامات دولتی و اسلامی در مشهد از این جنایت جلوگیری کند و بعد از قتل دو اسماعیلی بوسیله سفیر انگلیس به وزیر کشور که سردار اسد بود اعتراض مینماید.[1] سردار اسد با تشویق تقی زاده، شیخ باقر را دستگیر مینماید و به زندان شهربانی تهران که فرمانده آن یپرم خان بود میاندازد. اینکه یک آخوندمسلمان در زندان یک ارمنی در شهر تهران باشد به آخوند هائی که در مجلس بودند  برمیخور و در نشستی در کوشک سپهدار گفتگو در میگیرد. در حالیکه آخوندها در پی آزاد کردن شیخ باقر بودند چون قتل شرعی را قانونی میدانستند و بدن ترتیب با گرفتن جان ومال اسماعیلی ها آنها را به وحشت میانداختند تا برای نجات یا نیشابور را ترک کنند و یا شیعه شوند، تقی زاده و دمکرات ها خواهان مجازات قاتل دو نفر از شهروندان ایران بودند. تقیزاده میگوید اخوند مشهدی که فتوابه شیخ باقر داده بود نامش معین الغربا بود ونام دو اسماعیلی را هم ذکر مینماید و میگویدعلت اینکه شیخ باقر این دونفر را کشت این بود که میخواست دارئی های آنها را تصاحب کند که احتمالا شامل همسران آنها نیز میشد.[2]

در گفتگوی نشست درباره این جنایت شرعی که سید عبدالله بهبهانی و شیخ محمد حسین یزدی نیز حضور داشتند چون آخوندها نمیتوانند حرف خود را در برای آزادی شیخ باقر پیش ببرند این فرصتی میشود برای آخوند هائی که در مجلس بودند تا از این فرصت استفاده کنند تا در این جریان که اجرای شرع اسلام در میان بود از مراجع تقلید در عراق در باره تقی زاده که رهبر دمکرات هابود که در این مورد جلوی آنها را گرفته بودند درخواست فتوا کنند. تقی زاده معتقد است که در این باره بهبهانی هم دست داشته است چون او میگوید بهبهانی از او میخواست که به نجف برود تا مشکل را توضیح دهد و برطرف کند.[3] دو مرجع تقلید نجف عبدالله مازندرانی و محمد کاظم خراسانی در تلگرافی به مجلس، شاه، دولت و مقامات اسلامی حکم به فساد مسلک تقی زاده میدهند بدین ترتیب.

“چون ضدیت مسلک سید حسن تقی زاده که جدا تعغیب نموده است با اسلامیت مملکت و قوانینشریعت مقدسه برخورد داعیان ثابت و از مکنونات فاسداش علنا پرده برداشته است لذا از عضویتمجلس مقدس ملی و قابلیت امانت نوعیه لازمه آن مقام منیع بالکیه خارج و قانونا” و شرعا” منعزل است.”[4]

در اینجا با اینکه در این فتوا کلمه تکفیر بکار برده نشده بود لیکن اسلام سیاسی براحتی میتوانست چنین مفهومی را از آن بیرون بکشد که بمعنی حکم قتل تقی زاده بود که هر مسلمان مومنی میتوانست آنرا اجرا کند. در پی این فتوا پشتیبانان تقی زاده در ابتدا با پرسش از دو مرجع تقلید با جدا کردن فسادمسلک از تکفیر از آنها خواستند که موضوع را بصراحت روشن کنند و همچنین به خدمات تقی زادهبرای بر پائی مشروطیت و شکست استبداد و منصفانه نبودن این فتوا اشاره کردند. این جریان را تعدادی از تجار شناخته شده دنبال کردن تا این دو مرجع به صراحت چندین بار بگویند که این فتوا تکفیر نبوده است بلکه تنها برای بیرون کردن تقی زاده از مجلس و دولت بوده است[5]. افزون براین نشریه حبل المتین همین جریان را با پشتیبانی از تقی زاده دنبال کرد و علت اساسی این توطئه بر علیه تقی زاده را روسیه و طرفدارانش اعلان کرد و بگستردگی آنرا شکافت.[6] آنچه آشکار آست با بیرون رفتن تقی زاده از مجلس دمکرات ها رهبری موثرو مستحکم خود را  ازدست میداند که نتیجه ای مطلوب برای اسلام سیاسی و همدستان آن بود که از حاکمیت دستگاه قضائی شریعت زیر دست اخوندها پاسداری میکردند و نمیخواستند بگذارند حکومت قانون اساسی قوه قضائی را از چنگ آنها خارج کند .   

بنظر میرسد آخوند ها با بازی با کلمات در ابتدا شرایط را میسنجیدن تا ببین تا چه حد میتوانند جلو بروند. همچنین واکنش پشتیبانان تقیزاده نشان داد که او هدف آسانی برای گشتن در تهران و تبریزنیست. با این وجود آشکار بود که جان تقی زاده در خطر است بهمین دلیل او برای سه ماه از مجلس مرخصی خواست و مجلس با آن موافقت کرد وحکم آنرا در 16 تیر 1289 باو داد. او قصد داشت به تبریز برود و پس از مدتی به تهران برگردد. در این میان درگیری دمکرات ها با اسلامی ها شدت بیشتر میگیرد. در 25 تیر نه روز بعد سید بهبهانی یکی از رهبران تعیین کننده پیروزی انقلاب مشروطیت  بقتل میرسد و بازار دو روز تعطیل میشود و اغتشاش بزرگی در تهران ایجاد میشود. بنابر شواهدی که در نامه شیخ ابراهیم زنجانی که از هموندان دمکرات ها در مجلس دوم بود تقی زادهپس از قتل بهبهانی به تبریز میرود چون به تقی زاده اتهام زده میشد که در این قتل دست داشته است.[7] 

  در کتاب خاطرات، تقی زاده به قتل بهبهانی که نقش بنیادی در پیروزی حکومت قانون اساسیداشت اشاره مینماید که مخالفان دمکرات ها تلاش مینمایند آنرا  به تقی زاده نسبت دهند که پس از حکم به فساد مسلک او و گرفتن مرخصی از مجلس بوده است.[8] باورداشت مخالفان دمکرات ها به در دست داشتن تقی زاده در قتل بهبهانی بآن شدت بود که آنها یکی از نزدیکان تقی زاده را که  او همانند فرزند خود میدانست  بنام میرزا علیمحمدخان که برای مدتی با پشتیبانی تقی زاده  فرمانده مجاهدین بوده است و کسیکه همراه او بوده است را در 8 مرداد برای انتقام جوئی در لاله زار میکشند.

 در اینجا تقیزاده بکوتاهی به احتمال دست داشتن حیدر خان یا همان حیدرعمو اقلی در گشتن نزدیکان تقیزاده آشاره مینماید. با در نظرگرفتن نوشتار حبل المتین که پیش از این بان اشاره شد و بیشتر محتوای آن به دشمنی روسیه با تقی زاده اشاره مینماید مشکوک بودن به حیدر عمواقلی در این ماجرا بیریط بنظر نمیرسد.[9] چون این جریان ها در 1909 میلای اتفاق افتاده است میتواند اشاره ای داشته باشد به اختلاف او با انقلابیون قفقاز که یکی از آنها بنام نوروزاف، میرزا علیمحمدخان را میکشد.

در نامه ای از تقی زاده به یکی از دمکرات ها از او میخواهد که از یپرم بخواهد که مسئولین قتلمیرزا محمد خان تربیت و همراهش را مجازات کنند و در زیر نویس ناشر کتاب این دو قتل را به اعتدالیون نسبت میدهد که زیر نظر گروهی از آنها به رهبری معزالسلطان یا همان  سردار محییاجرا شده است.^[10] سردار محیی بهمراه بختیاری ها یکی از نزدیکان سپهدار نخست وزیر و وزیر جنگ وقت بود که پیوسته با تائید وزیر جنگ از شوستر تقاضای پول برای جنگ با ترکمن هامیکرد که در نهایت شوستر از پرداخت آن خوداری کرد وتهدید به استعفا کرد.[11]  این نشانه ای است از ارتباط اعتدالیون و بختیارها با تبلیغات روسی بر ضد تقیزاده است که در نهایت منجر به اخراج شوستر از ایران میشود و بسته شدن مجلس دوم بوسیله بختیارها در 1911.

تقی زاده مسئول قتل بهبهانی را به شخص مجاهدی بنام رجب نسبت میدهد و میگوید که بعدا به تبریزمیاید و به خانه مجتهد بمب میاندازد. لیکن سرانجام رجب نیز کشته میشود. لحن گفتار تقی زاده ازرجب نشان میدهد که او احترامی برای او قائل نبوده است. از طرف دیگرد نشان از جو فکری بخشی ازمجاهدان است  که چقدر آماده جنگیدن با آخوند ها بودند. همچنین تقی زاده از شخص دیگری نقل مینماید که میرزامحمدعلیخان در زمان قتل بهبهانی در تهران نبوده است و با او در شمیرانبوده و از شنیدن این خبر بشدت غمگین شده است.^[12]

با پیش آمدن این جریان ها تقی زاده بیشتر احساس خطر میکند و بهمین علت تبریز را بقصد رفتن بهاستانبول ترک مینماید. علت دیگری که تقی زاده برای ترک تبریز ذکر مینماید تبلغات شدیدی است که در نشریه های روسی بر ضد او میشود و او را متهم به توطئه بر ضد دولت مینمایند و چون ارتشروسیه در تبریز بود او برای آزادی خود بیشتر بیمناک میشود.[13]

تقی زاده در خاطرات خود داستان رفتن به استانبول را بگستردگی گزارش مینماید آنچه از این گزارش کوبنده است محبوبیی است که او در راه بوسیله مقامات دولتی و شهروندان با آن روبرو میشود. اطلاعات جغرافیائی که تقی زاده برای رفتن به تبریز و استانبول میدهد قابل توجه است. او از مسیر رشت، باکو، تفلیس به تبریز میرود و در آنجا از جانبداری و کمک های استاندار آذربایجانمخبر السلطنه هدایت یاد میکند همچنین محبوبیت خود را در میان مردم و تجار و بویژ دوستان زیادی که داشته است گزارش میدهد. بعد از سه یا چهار ماه سکونت در تبریز به ارومیه رفت و در آنجا با پذیرائی گرم و دوستانه حاکم ارومیه، سلماس، خوی و ماکو و مردم ارومیه روبرو میشود و حتی پیش از اینکه  از مرز ترکیه در بایزید بگذرد کنسول ایران در بایزید نماینده خود را به استفبال او میفرستد و خودش در خاک ترکیه از تقی زاده استقبال میکند. همچنین در راه او به استانبولمقامات ترکیه با تقی زاده مانند یک مقام رسمی دولت ایران رفتار میکردند. تقی زاده گزارش گسترده ای از این سفر و شرایط سیاسی حاکم به ان تا به استانبول میرسد را میدهد.[14]          

 تقی زاده در استانبول با دمکرات های در تهران در تماس بود و تلاش میکرد انسجام دمکراتها در مجلس را نگهدارد در حالیکه با فقر در آنجا روبرو بود[H1] .